苏州市第三中学的前身是美国南浸信会分别于1906年、1907年在临顿路谢衙前创办的私立晏成中学和慧灵女子中学两所教会学校。1927年芦沟桥事变后，晏、慧两校曾迁沪与上海明强中学晏摩氏中学合并成浸会联合中学；1938年部分教师借晏成校舍开办“成智私塾”；1942年又由汪伪教育厅先后办“江苏省立联合中学”、“江苏省立教育学院”及其附中，抗战胜利后解散；抗战胜利后，晏、慧回苏复校；解放后因晏成校址被借办康复医院，两校合并于慧灵女中，一度称晏慧中学；1953年1月人民政府接办成为公校，遂定名为“苏州市第三中学”。
　　学校从二十世纪之初至今的历史形成其一定的发展特点。晏成、慧灵作为私立教会学校经营数十年而不辍，且渐成规模，在社会上有一定影响。晏成中学还曾办商科多年，为社会提供了很多财政、金融工商企业的经济管理人才。